超音速喷涂设备燃烧时，当油中游离脂肪酸含量较高时，应注意这个问题，因为酸性催化剂会催化游离脂肪酸和甲醇的酯化反应，从而产生一定量的水，影响反应进程，一步酯交换反应难以达到令人满意的转化率。当使用高酸值的油脂如废油作为原料时，为了避免产生的水的影响，在工业中通常使用脱水同时进行反应，或者使用批量操作加入甲醇后取出水并继续反应。
超音速喷涂在工业应用中，最常用的酸性催化剂是浓硫酸和磺酸或其混合物。与二者相比，硫酸价格便宜，吸水性强，有利于酯化反应产生的水分去除。缺点是它具有很强的腐蚀性，容易与碳 - 碳双键反应，导致产品颜色变深。磺酸催化剂的催化活性比硫酸弱，但在形成过程中产生较少的问题并且不会攻击碳 - 碳双键。
